2006-ban újabb technikai változtatások történtek: a V10-es motorokról áttértek a V8-asokra. Ez az év újabb csalódás lehetett a versenyző számára: a McLaren teljesítménye elmaradt a fő rivális Ferraritól és Renault-tól. Az első futamon technikai hiba hátráltatta az időmérőn így csak a 22. hely jutott neki. Ám a futamon minden rendben alakult így harmadikként állhatott fel a pódiumra. A második futamon ütközés miatt kiesett. Ausztráliában jobban alakultak a dolgok: második lett. Európába visszatérve egy ötödik, egy negyedik, majd egy újabb ötödik helyezést szerzett. Autója ezúttal nem megbízhatatlan, hanem lassú volt. Monacóban újra a kocsi romlott el, de Silverstone-ban újra dobogóra állhatott.

Kanadában Räikkönen egy harmadik hellyel gazdagodott. Egy újabb kiesés és egy ötödik hely után egy újabb dobogó következett. A rendkívül élvezetes, esős Magyar Nagydíjon újra kiesett, miután hátulról nekiment a lekörözött Vitantonio Liuzzinak. A törökországi kiesése után legjobb 2006-os eredménye következett: második lett Monzában, ahol a pole pozícióból indulhatott, 64 ezredmásodpercel előzve meg Michael Schumachert. Egy kiesés után két ötödik hellyel búcsúzott a McLarentől.

Az évad közben rengeteg pletyka röppent fel, hogy a 2006-ban lejáró szerződése után hova igazol, esetleg marad-e a McLarennél. Végül kiderült, a Ferrari őt választotta, három évre szerződött a csapathoz.